Fakültemizin tarihçesi 5 Aralık 1884 Yılında İstanbul Heybeliada’ da bulunan ve Deniz Harp Okulunun bir bölümü olarak sivil Denizciliğimizin geliştirilmesi amacıyla kurulan "Leyli Tüccar Kaptan Mektebi " ne kadar uzanmaktadır. Yüksek Denizcilik Okulu olarak bilinen bu okul 1992 yılında İTÜ bünyesinde Fakülte olarak tekrar yapılandırılmıştır.